海交通大学药学院由上海交通大学和上海医药工业研究院共建，于2000年2月26日成立，是上海交通大学的二级学院。

药学院师资国际化背景突出，现有教职员工88 人，其中教授17 人、副教授/ 副研究员21 人、91%以上的专任教师具有博士学位，80% 以上的教授具有海外知名大学博士学位，其中包括国家科技部重大基础研究计划首席科学家、中科院“百人计划”优秀奖获得者、国家杰出青年科学基金获得者、教育部新（跨）世纪优秀人才支持计划入选者等。学院院长叶德全教授为中组部“”学者。

药学专业传承上海交大追求卓越的信念，以建设世界一流药学院为奋斗目标，践行知识传授、能力建设和人格养成的“三位一体”人才培养理念，以本科教育为立院之本，充分发挥学科齐全、研究力量雄厚的优势，培养综合素质高、专业知识面宽、业务能力强、具有竞争力的研究型和创新型药学本科人才。

药学院国际化办学特色鲜明，“特色课程、精品专业”的办学模式已经形成，与美国UCLA、美国北卡罗来纳大学、法国巴黎五大等多所国际一流大学已经建立了紧密的合作关系，与国际知名的辉瑞、罗氏、Anacor、健赞（Genzyme）、格兰素史克等多个跨国制药企业建立了合作研究关系。学院开展了澳门大学双学位项目、法国INRA 交流项目、瑞士Nestle 实习项目等学生国际交流合作项目。