同济大学交通运输工程学院的办学历史可以追溯到上世纪初，1914年同济大学设立土木科时即下设道路、铁路施工专业。1952年，随着上海交通大学、复旦大学、圣约翰大学等院校相关专业的并入，建立了同济大学公路、铁路与桥梁系，并于1953年分设为铁路系和公路系。1954年，清华大学土木系公路专业并入同济大学，公路系即更名为道路与桥梁工程系。1959年，交通部在同济大学成立“交通部同济大学公路研究所”。1979年成立我国大陆第一个交通工程研究室。1982年成立道路与交通工程系。2000年同济大学与上海铁道大学合并，组建成立同济大学交通运输工程学院。

交通运输工程学院设有道路与机场工程系、交通工程系、城市轨道与铁道工程系、运输管理工程系和交通信息工程系等5个系，拥有国家大学生校外实践教育基地、道路与交通工程教育部重点实验室、国家道路交通安全管理工程技术研究中心同济大学分中心和道路安全与环境教育部工程研究中心等机构。

交通运输工程学院已成为中国交通运输领域人才培养与科学研究的重点基地之一。学院在1981年获得道路与铁道工程硕士点授予权；1986年获得全国第一个道路与铁道工程博士点授予权；1998年获得交通运输工程一级学科博士点授予权；2001年，道路与铁道工程、交通运输规划与管理被列为国家级重点学科；2007年，交通运输工程一级学科被列为国家级重点学科。学院设有交通运输工程博士后流动站，道路与铁道工程、交通信息工程与控制学科设有“长江学者”特聘教授岗位。近年来荣获交通领域国家科技进步一等奖2项、二等奖6项，省部级科技进步奖200多项。

今后学院将紧密对接交通运输行业发展战略，整体提高学科在陆路交通领域的综合水平，培养具有国际水准的人才，形成“多层次、国际化”的学科特色和“综合性、全息化、可持续”的学术特色，在基础性核心理论研究和平台建设方面重点突破，确保学院的引领地位，并形成国际性的人才培养和学术研究中心。