我国的大学章程是伴随着我国第一所现代意义上的大学——京师大学堂(北京大学前身)的诞生和发展而形成的。

1894年甲午战争后，梁启超在参考英、美、日等国大学教育制度的基础上草拟出我国第一个大学章程《总理衙门拟奏京师大学堂章程》，主要内容包括办学宗旨、课程设置、管理体制、学生、教学组织形式和资金来源，《章程》规定管学大臣是学校最高领导，下设教学和行政两套班子，分别由教习、总办负责。

进入民国时期，时任北京大学校长蔡元培为了改变北大的官僚作风，采取的改革措施之一就是制定《北京大学章程》，为此蔡元培专门成立了由蒋梦麟、顾孟余、胡适、马舒伦等参与的组织委员会，起草完毕后，经由学校的评议会通过后施行。评议会是当时北大内部的学术事务管理机构，也是最高决策机构，以各科学长及各科教授互选若干人为会员，校长为议长，负责审议学校的重要事项。在当时，无论是国立还是私立的高等学府，大都拥有自己的章程，作为学校管理的基本依据。

受蔡元培教育思想的影响，“教授治学”的办学精神在这些章程中得以体现，教授不仅参与学术事务，还参与学校的管理。在当年《北京大学章程》中就明确规定，教授有评议员的被选举权，有赠予学位的权利;各学系设有教授会，规划本学系事务;委员长、教务长均在教授中任命。当时的《清华学校组织大纲》中也直接规定设有教授会，可以审定全校课程，参与选举。

新中国成立以后，国家对大学实行集中统一的管理方式，直到1995年颁布的《教育法》正式赋予学校“按照章程自主管理”的权利，使章程成为学校管理的基本依据。自此，我国高校章程的数量开始迅速增加。主要分为两大类，一类是民办学校、独立学院的章程，一类是公办高校按照相关文件补定的章程，但此类章程数量很少。北京大学官方网站的公开信息显示，北大从建校初期至此次章程制定之前曾有过六部章程和组织大纲，此次教育部核准的《北京大学章程》是在2006年由北京大学教代会动议启动，历时8年最终公布。