上海交通大学核工程专业始建于1958年，是国内首批开设核工程专业的高校之一。40多年来，上海交通大学核工程专业为我国核工业培养和输送了大批高层次专业人才。上海交通大学是目前华东地区唯一设有核工程专业的高等学校，具有博士、硕士（包括工程硕士）和学士学位授予权，并建有博士后流动站。在交通大学110年校庆之际，上海交通大学为适应国家核电发展的需要，在原核科学与系统工程系的基础上成立了核科学与工程学院。

1958年，在自主发展原子弹和核反应堆的背景下，上海交通大学同国内一些著名大学几乎同时办起了工程物理系，下设原子工程、放射化工、电物理、核材料等专业，从全校学生中选择了十几位优秀学生成为了第一届学生。

1961年重组成反应堆工程和核动力装置两个专业。

1962年撤系并入动力机械工程系。

1968年以后基本只招收核反应堆工程专业。

1982年本学科获硕士学位授予权。

1997年动力机械工程系升级为学院，本专业也随之升级为系，在原教研室基础上成立了核动力工程与自动化系。

1998年与上海核工程研究设计院共建博士点。

2000年与上海核工程研究设计院共建博士后流动站；同年建立工程硕士点。

2002年为进一步拓宽学科面，向核科学与核技术一级学科发展，决定改核科学与系统工程系。

2006年改核科学与工程学院。

在此期间，学院创造了辉煌的历史，很多地方留下了交大核学院人的足迹，他们为国家做出了巨大的贡献，得到了业内外人士的一致好评。

在2004年，与中国核工业总公司建立了合作框架协议；在2005年1月16日，与中国电力投资集团公司建立了合作框架协议；在2005年4月，与中国广东核电集团公司建立了合作框架协议。2006年，与中国广东核电集团公司签订了科研合作协议；2006年，和中国电力投资集团公司签订了共建教学培训基地的合作；2006年，和成都核动力院一院和728研究院建立了框架协议。