合格考与选择考主要有以下五个方面的区别：

一是考试目的不同。合格考的目的是检查全体高中学生是否达到了普通高中课程方案和课程标准规定的基本学业要求，可以称为“强化基础”;选择考的目的则是在“强化基础”的前提下，凸显不同高中生在学业修习上的学科特长，可以称为“突出个性”。

二是考试科目不同。合格考覆盖国家课程方案规定的除综合实践活动、劳动课程外的所有学习科目。选择考是学生根据国家发展需要、自身兴趣、志向、优势和高等学校招生要求，首先在物理、历史2门科目中自主选择1门，再从思想政治、地理、化学、生物4门科目中自主选择2门，共计3门科目。

三是考试范围不同。合格考科目内容为普通高中课程方案和各学科课程标准确定的必修内容;选择考科目内容为普通高中课程方案和各学科课程标准确定的必修和选择性必修内容。

四是成绩呈现不同。合格考科目成绩以“合格”和“不合格”呈现。合格考成绩长期有效。选择考中，首选科目成绩以原始分呈现;再选科目成绩以等级转换分呈现。选择考成绩当年有效。

五是考试时间不同。合格考考试时间安排在高中阶段相应课程教学任务结束时进行，首次考试安排在高一下学期末进行，高三上学期末完成。成绩不合格的应届生在校期间可参加补考。选择考自2025年起实施，每年组织1次，时间紧随全国统一高考之后进行。